SC Freiburg曾一度参加最高级别联赛——巴登高卢联赛。1937年，俱乐部失去了温特勒体育场。在战争艰难的岁月里，比赛运营只能艰难维持。1944年，体育俱乐部的会所被空袭摧毁。
1933
年，弗赖堡新闻发布了德国足球联合会的命令，禁止更多犹太人或共产主义者担任足球俱乐部领导职务。5月，协会被重新纳入秩序，并迎来了新的“俱乐部领袖”——纳粹党（NSDAP）市议员路德维希·西德（Ludwig Sieder）。在体育方面，情况与往年相似，在符腾堡-巴登区联赛中排名第六。
1934年，
SC弗赖堡参加新成立的高尔联赛巴登联赛并降级。为了创造收入，俱乐部进行了一次前往法国的友谊赛之旅。
1935年，
弗赖堡体育俱乐部成为上巴登区联赛冠军。弗赖堡体育俱乐部拒绝了市政府强迫的与弗赖堡足球俱乐部的合并。
1936
年，体育俱乐部再次夺得区联赛冠军，但在晋级高尔联赛的阶段失败。6月30日，俱乐部收到弗莱堡市通知，因空军需要该场地，宣布冬季球场将被终止运营。
1937年，
SC弗赖堡成为弗赖堡区联赛冠军，但未来必须在不同地点比赛：温特勒体育场被毁并完全拆除。
1938年，
SC Freiburg重新加入弗赖堡体协会（FT von 1844），作为足球部门，因此可以再次在Schwarzwaldstraße的FT球场上比赛。卡尔·齐格勒成为“俱乐部领袖”。SC 弗赖堡赢得了弗赖堡区联赛冠军。
1939-1941
战争初期，弗赖堡体育俱乐部在体育方面有所提升：1939年在弗赖堡区联赛中获得第四名，随后在1940年获得第二名，最终于1941年夺冠并晋级所谓的分区联赛。
1942
年仅一年后，SC Freiburg以第六名降级至巴登南分区联赛，排名垫底，次年必须再次参加区级比赛。
1943年
，只有四支球队参加区联赛布赖斯高，弗赖堡体育俱乐部获得第二名，再次晋级分区联赛。
1944
年巴登南区联赛（Gauliga）比赛持续至秋季。SC Freiburg再次排名第六，也是最后一名。
11月27日，弗赖堡遭受毁灭性空袭，体育俱乐部的会所“甘特啤酒厂”被完全摧毁。
1945
年，弗赖堡转工协会（FT）及体育俱乐部被占领当局正式解散。二战结束后，体育俱乐部仍于1945年10月开始与来自该市及周边地区的球队进行首次友谊赛。SC军队中战争受害者的具体人数不详。
