1993年，体育俱乐部首次升入德甲。随后经历了两次降级和两次升级，并参加了一次欧洲冠军杯。沃尔克·芬克担任教练长达16年。
1990-1991赛季
，在1989/90赛季结束时，沃尔克·芬克在德乙联赛排名第13位，1991年7月1日成为弗赖堡体育俱乐部主教练。他的助理教练是阿希姆·萨尔施泰特。两人在弗莱堡体育俱乐部共效力了16年。1991年，女子足球部门也进行了重建。
1992年
，在德国统一后分为两支的德乙联赛中，体育俱乐部在南区资格赛中排名第一。弗赖堡体育俱乐部在随后的升级轮中排名第三。
1993
年，德乙联赛再次单车道，开始时有24支球队参赛。SC弗赖堡首年夺冠，首次升入德甲。德赖萨姆体育场安装了照明灯。东看台有顶并扩建了1,580个座位。
1994
年，体育俱乐部在最后一轮MSV杜伊斯堡的戏剧性赛季收官战中以第15名降级。弗里茨·凯勒成为SC弗赖堡的第三任主席。10月，延斯·托特成为SC弗赖堡首位德国国家队球员。
1995
年，在德甲第二年，体育俱乐部惊艳地获得第三名，从而获得欧洲联盟杯参赛资格，但在首轮被布拉格斯拉维亚淘汰。德赖萨姆体育场主看台扩建至5000个座位，南看台重建（4400个站席和2200个座位），使德赖萨姆体育场首次可容纳22500名观众。克里斯蒂安·施特赖希成为弗赖堡体育俱乐部的青训教练。
1996年，
SC弗赖堡在德甲中排名第11。
1997年
SC弗莱堡以第17名从德甲降级。SC女子队的情况有所好转：她们成为了南巴登高级联赛的冠军。球迷社区（FG）成立，作为官方SC球迷俱乐部的伞形组织。
1998
年，体育俱乐部在德乙联赛中获得亚军，立即晋级。女子队也晋级女子甲级联赛。6月1日，安德烈亚斯·雷蒂格成为弗赖堡体育俱乐部的首任主教练。俱乐部董事会的新任财务主管是海因里希·布赖特博士。
1999
年，体育俱乐部在德甲中排名第十二。北看台扩建至6000个有顶座位。Gegengerade也改建为可容纳7000名观众的纯看台。因此，德赖萨姆体育场的容量达到了目前的24,000个座位。
2000
年10月，弗赖堡足球学校在默斯莱体育场开始建设。SC职业队在德甲中排名第十二。SC女子队从德甲降级。
2001年
，弗莱堡体育俱乐部以德甲第六名的成绩第二次获得欧洲联盟杯参赛资格。在那里，体育俱乐部在首轮击败了斯洛伐克的马塔多尔·普霍夫，随后又战胜了瑞士的圣加仑足球俱乐部，12月在第三轮被荷兰的鹿特丹淘汰。体育俱乐部女子队再次升入德甲。九月，弗莱堡足球学校举行了隆重的开学仪式。
2002年
，弗赖堡体育俱乐部以积分榜第十六名的身份第二次降级出德甲。5月，安德烈亚斯·博尔内曼成为新任主教练。
2003年，
作为德乙冠军，SC弗莱堡第二次直接升入德甲。对于主教练沃尔克·芬克和助理教练阿希姆·萨尔施泰特来说，这是SC弗赖堡第三次晋级德国顶级联赛。
2004
年第九个德甲赛季结束时，SC弗莱堡排名第13。然而，当年最亮点是SC弗莱堡百年纪念（5月30日）。该赛季以“百年90分钟”为座右铭，包括球迷投票选出的过去十年德甲梦之队对阵当时SC职业球队的比赛，以及Herbert Grönemeyer在弗赖堡新展览馆为53,000名观众举办的露天音乐会。
作为SC Freiburg的四个新“高级赞助商”之一，并作为大型联合太阳能发电项目的一部分，当地能源公司badenova获得了Dreisam体育场五年的冠名权。
弗赖堡足球协会成立。当时，SC成员仍略多于1000人。
2005
年，SC弗赖堡在德甲的第十个赛季结束，第三次降级至德乙——该赛季球队仅以垫底身份积18分。
在SC全体大会上，Martin Weimer晋升为SC Freiburg执行委员会第三副主席，并补充了Achim Stocker（首任主席）、Fritz Keller和财务主管Dr. Heinrich Breit的团队，三人均已在各自办公室获得确认。从此，主教练沃尔克·芬克执教德国职业俱乐部的时间比以往任何教练都长，且未间断。
Supporterscrew Freiburg e.V. 成立为活跃粉丝圈的协会。
2006年，
SC弗赖堡在2005/06赛季结束时错失直接升入德甲的机会。体育俱乐部仅落后两分，位列第四。在主教练克里斯蒂安·施特赖希的带领下，弗莱堡A级青年队首次赢得了德国足协青年俱乐部杯。
在2006年德国世界杯期间，荷兰国家队将巴德诺瓦体育场作为训练场地使用。
2007年，
弗赖堡以41分创下德乙俱乐部下半赛季最佳表现。然而，在2006/07赛季的最后一轮比赛中，这同样只够获得第四名。理事会拥有超过2000名成员。
在2006年12月，SC董事会宣布赛季结束后决定与主教练沃尔克·芬克分道扬镳，2-0战胜TuS科布伦茨的比赛成为这位前主教练执教16年后执教的最后一场比赛。随着芬克的到来，助理教练阿希姆·萨尔斯特德也将在俱乐部效力16年后离开。安德烈亚斯·博尔内曼也将结束他作为足球俱乐部主教练的工作。他的继任者将是德克·达夫纳（Dirk Dufner）。新任SC主教练是罗宾·达特，他此前执教地区联赛球队斯图加特踢球者队。
SC球员梅拉妮·贝林格将在九月底中国世界杯上随德国国家队夺得世界冠军。
该体育俱乐部通过与其他地方（体育）组织的网络系统，被德国足球协会（DFB）授予“精英足球学校”称号。
